O nome Mangaratiba tem origem em "mangara"= ponta da banana e "tiba"=local onde existe abundância.

A história do município remonta do século XVI, mais precisamente à época da doação das Capitanias Hereditárias (1534). Os primeiros colonizadores quase nada conseguiram fazer, pois viviam sob a constante ameaça dos índios Tamoios.
Em 1616, Martim Afonso aportou na Ilha de Marambaia, com um grupo de índios Tupiniquins catequizados, fundando um povoado na praia de São Brás, em Ingaíba.

Em 1688, devido as fortes ressacas e inundações na área do Ingaíba, a população decidiu transferir o povoado para o Sítio onde ficava o antigo cemitério, e ali erigiram uma capela em louvor a Nossa Senhora da Guia.

Com a cultura do café na região, a cidade tornou-se porto exportador do produto. Devido ao aumento da produção, foi necessária a abertura da primeira estrada de rodagem do país, inaugurada pelo Imperador D. Pedro II com a denominação de " Estrada Imperial".

Mais tarde, com a construção das estradas de ferro foi desviada a produção de café do Vale do Paraíba para o Porto do Rio de Janeiro e por este motivo a região entrou em completa estagnação e decadência.

Atualmente, Mangaratiba reestrutura-se através da agropecuária, pesca e turismo.